Snake llega a la isla tras ser impulsado por un torpedo VOA (Vehículo de Operación Acuática) desde un submarino, para evitar una inclusión aérea que pueda ser registrada por radares terroristas. Una vez en la base, Snake se pone en contacto vía códec con Campbell, el cual, le presenta a Mei Ling, analista visual y procesadora de datos que le servirá de apoyo en la misión, al igual que Nastasha Romanenko, especialista en armas nucleares y de gran calibre. El ex-instructor militar y experto en la flora y fauna local, Master Miller, se pone en contacto con Snake para ofrecerle su ayuda a distancia vía códec.